电子文件的归档时间有两种：实时或定期。实时归档是指电子文件形成后即刻归档，定期归档是指按照机构有关规定，在电子文件形成一段时间后再向档案部门移交。《电子文件管理暂行办法》规定：“电子文件……定期归档应当在第二年6月底前完成”。特殊类型的电子文件，如CAD文件、财务电子文件，可以参照专门文件的归档时间并结合电子文件的特点确定其归档时间。实时归档一般都采取在线归档方式，定期归档可以是在线的也可以是离线的。
应该根据业务需要和电子文件管理要求选择适宜的归档时间点。例如电子公文可以在流转或发送完毕之后立即归档，工程文件则可在工程或子工程结束之后归档。
在双套制归档过程中，电子文件最好与纸质文件同时归档。很多单位中电子文件可以实时归档，而打印出来的纸质文件可能是定期归档。在这种情况下，可将实时归档的电子文件先放入暂存区，在纸质文件归档时一并正式归档，以保持文件之间的一致性和关联性。操作流程如图4所示。
图4 某机关办公自动化系统文件归档流程