现行组织中，常用的文件分类方法有年度分类法、组织机构分类法、问题分类法、保管期限分类法。

上述四种文件分类方法，在现行组织的文件分类工作中可以单独使用，但实际工作中往往并不是单纯采用一种分类方法，更多数情况下是将几种分类方法结合起来使用，在不同分类层次上采取不同的分类方法，从而构成了复式分类法。其中，年度分类法大多在第一层次分类中使用，组织机构分类法、问题分类法大多在第二层次分类中使用，保管期限分类法大多在第三层次分类中使用。目前，现行机关文件整理归档工作常用的复式分类法如下。

一是年度分类法—组织机构分类法—保管期限分类法，即先将归档文件按年度分类，每个年度下按组织机构分类，在组织机构下面再按保管期限分类。其优点在于能尊重内设组织机构对文件类别划分的稳定性和客观性，类别名称也能体现文件来源。这种方法主要适用于内设组织机构较稳定、机构规模较大、文件数量较多的组织。

二是年度分类法—问题分类法—保管期限分类法，即先将归档文件按年度分类，每个年度下按问题分类，在问题下面再按保管期限分类。其优点是文件类别名称能够体现出单位主要职能和业务内容。这种方法多适用于内部组织机构不稳定，或因组织机构之间分工不明确、文件工作不正规等原因难以区分文件所属机构，以及内部组织机构非常简单的组织。

三是组织机构分类法—年度分类法—保管期限分类法，即先将组织机构分类，在每一个组织机构内再按照年度分类，每一个年度内再按照文件的保管期限分类。这种方法适用于内部组织机构和文件数量较少的组织。

四是保管期限分类法—年度分类法—问题分类法，即先将归档文件按保管期限分类，每个保管期限下按年度分类，再在年度下面按文件内容所反映的问题分类。这种方法适用于不宜按组织机构分类的情况。

选用复式分类法时，同一机关应保持分类方法的相对稳定性。鉴于组织发展中文件管理人员的不断变动和更新，就需将选定的分类方法嵌入整个组织的文件分类方案中，使之统一化、制度化。只有这样，才能保持本单位文件分类方法的前后一致性，形成一个分类一致、前后相承、便于查找利用的文件系统。