中共中央、国务院下发的《关于分类推进事业单位改革的指导意见》中提出，事业单位分类改革要坚持政事分开、事企分开，以社会功能为依据，合理划分现有事业单位类别；坚持根据职责和特点，细分从事公益服务事业单位；坚持实事求是，严格掌握标准，不以机构名称、经费来源、人员管理方式等作为分类依据；坚持分类指导，对不同类别事业单位实施不同的改革和管理办法。

事业单位分类的基本原则重点包括三个方面：一是坚持“一把尺子”，即将事业单位的社会职能作为分类的根本依据。二是坚持“两个防止”，即防止公益类单位向行政类靠拢、防止生产经营类向公益类靠拢。这一要求实际上是要鼓励事业单位向公益类特别是生产经营类方向改革，减少事业单位机构和人员总量。三是不以三个因素作为分类标准。首先，不以现有的机构名称确定单位分类，如有些单位虽具有事业单位名称上的特点，但并不影响它在本次改革中的分类选择。其次，不以现有的经费来源作为单位分类依据，其具有两层含义：一方面，即使现在属于全额拨款类单位，但是如果其职能主要属于生产经营范畴，也应定为生产经营类单位；另一方面，即使现在是自收自支事业单位，但是如果承担的是政府应当承担的基本公共服务的公益职能，也应按公益类事业单位进行分类。最后，不以现有人员管理方式作为分类依据，主要指目前参公管理的事业单位不得以是否参公管理作为其转为行政类的依据。

这一分类原则主要体现了新一届政府所作承诺中的“财政供养人员只减不增”原则。根据这个原则，要严格限制行政类和公益一类的单位数量，放开对转企改制的限制。