进入20世纪90年代以后，传统薪酬战略的弊端越来越明显，这主要表现在以下几个方面。

1.传统薪酬战略往往将目标界定在“吸引、激励和保留”员工方面，所采取的“战略”通常是支付市场化薪酬工资这种竞争性目标。由于不同的企业在目标以及结构方面存在很大的差异，因此仅仅说薪酬必须能够吸引、保留和激励员工，是无法保证薪酬战略成为企业的经营战略、财务战略以及人力资源管理战略的一种直接延伸的。其结果往往是无法在企业中保持目标的一致性，薪酬系统“自己过自己的日子”，或者使薪酬体系成为对竞争对手进行简单拷贝的一种结果。此外，传统薪酬战略下的薪酬系统大多以利润最大化为单一目标，只关注于生产率和市场占有率等一些可量化的指标，这对于处于激烈竞争环境当中、需要达成多元目标的现代企业来说存在很大的局限性。

2.基本薪酬加上绩效加薪的战略对于强调稳定性和一致性的职能组织来说是非常适用的，但是这种将基本薪酬与特定的、单个的职位紧紧联系在一起的做法，对于强调流程和速度的企业来说却不适用。这是因为这种企业所依赖的是要求团队成员共同分享工作角色的跨职能团队，对于这种团队来说，强调单个职位价值的薪酬系统显然是不适用的。

3.20世纪90年代以后的一个重大变化就是企业的组织结构开始从原来的金字塔状职能型结构向扁平型结构转移。而传统薪酬战略的基本薪酬部分所强调的却是保障性和职位的持续晋升，显然，这种薪酬导向是不符合扁平型组织的要求的。这是因为，在扁平型组织中，员工向上垂直流动或晋升的机会是非常有限的，个人和组织的成功也主要取决于绩效和员工的“横向成长”——即新的技能和能力的获得，而不是所谓的保障性。

4.新的竞争环境要求企业不断改善绩效和生产率，改善产品或服务的质量，同时改善员工的工作和生活质量，从而谋取竞争优势。而传统薪酬战略的激励性和灵活性却较差，尽管其中也有绩效加薪的成分，但是加薪的幅度很多时候每年仅仅能够维持在3%~4%这种几乎接近生活成本加薪的水平上，所以对员工和组织绩效的影响实际上并不明显。不仅如此，在传统薪酬系统中，除了福利部分之外，其他部分为员工所带来的价值增值是停滞的或者是下降的，这对于追求生活质量的新一代劳动者来说也非常没有吸引力。