目前，实施远程办公主要的管理问题是如何评估员工的绩效，如何监督远程办公的员工，如何衡量生产力，如何建立信任及管理员工。
很多管理者认为，如果他们不能直接观察员工的工作，就无法评估员工绩效或提供有建设性的绩效反馈。首先，远程办公的工作目标必须是具体的、可衡量的、现实的，且能被管理者和员工所接受。
其次，仅仅凭借项目最终的完成效果作为唯一的绩效评定标准是不全面、不客观的，如何建立起过程中的绩效追踪以实现管理上的控制是远程办公面临的首要问题。
最后，远程办公不适合通过对人的观察来评定员工的绩效，所以在绩效的考核标准设定上，如何体现管理者的主观部分和员工绩效上的客观部分相结合也是一大难题。