（1）非正式组织的目标如果与正式组织冲突，则可能对正式组织的工作产生极为不利的影响。比如，正式组织力图利用职工之间的竞赛以达到调动积极性、提高产量与效益的目的，而非正式组织则可能认为竞赛会导致竞争，造成非正式组织成员的不和，从而会抵制竞赛，设法阻碍和破坏竞赛的开展，其结果必然是影响企业劳动竞赛的效果。
（2）非正式组织要求成员一致性的压力，往往也会束缚成员的个人发展。有些人虽然有过人的才华和能力，但非正式组织一致性的要求可能不允许他冒尖，从而使个人才智不能得到充分发挥，对组织的贡献不能增加，这便会影响整个组织工作效率的提高。
（3）非正式组织的压力还会影响正式组织的变革，发展组织的惰性。这并不是因为所有非正式组织的成员都不希望改革，而是因为其中大部分人害怕变革会改变非正式组织赖以生存的正式组织的结构，从而威胁非正式组织的存在。