流程绩效管理与绩效管理虽然都是进行绩效管理的方法，但两者之间还是存在较大差别的。
1.流程绩效管理的目的是分析业务流程绩效的表现，解决业务中出现的问题；而绩效管理的目的是应用绩效表现的结果，通过激励的手段，促使当事人改进自己的绩效，提高组织的绩效。
2.流程绩效管理的手段，是通过建立科学合理的指标体系，监控流程绩效，运用一整套分析的方法和模板，展现业务出现问题的根本原因，并在以后的工作中实施改进。而通常所说的绩效管理的手段，是通过绩效计划、考核评估、沟通改进计划、制定新的绩效目标，来激活企业中的组织和细胞。
3.流程绩效管理更加要求体现以客户为中心，强调实时性和迅速的反应；但是绩效考核可以以固定的周期来总结和回顾，同时绩效考核还包括了劳动态度、计划执行情况等企业牵引性的元素。
4.流程绩效管理是可以有效协调过程和结果的绩效管理，将流程节点要求和流程结果结合起来，真正做到过程的有效管控。而通常所说的绩效管理手段，只能在岗位中进行分解组织目标，不能形成有效的过程管控。