当代日本公司的治理模式脱胎于其前身 ——财阀集团或家族企业集团。财阀是明治政府中那些能够优先获得资源的家族所拥有的公司，他们通常与政府有着非常好的关系，并获得政府的资助创建了私人银行。为了摆脱20世纪30年代的经济大危机，日本走上了军事扩张和侵略的道路，军事支出迅速增加。日本军政当局敦促家族银行合并，并替大多数公司指定一家主银行，把银行当作政府基金流通的管道。第二次世界大战期间，战时统制经济为财阀和大公司提供了扩大势力的有利时机，日本政府对财阀集团势力的扩张的容忍态度使财阀垄断规模达到空前的程度，财阀家族通过控股公司层层控制大批企业。战后初期，日本公司总资本323亿日元，其中三井、三菱、住友、安田四大财阀及所控制的资本就高达79亿日元，占24.5%；十大财阀所控制的资本高达114亿日元，占35%。

第二次世界大战后，美国为了彻底摧毁日本赖以存在的经济基础，通过将股权分散到普通公众的手中，解散了财阀，并强制财阀家长和关联公司领导人辞职。1948年年初，美国对财阀有关的股票实行清算，优先购买被清算股票的权利给予了公司的雇员，并为雇员购买股票提供金融支持。这样，所有权就从财阀家族手中转移走了。不过美国解散财阀的工作不够彻底，财阀联合结构和各个财阀的组成部分在这个过程中基本上保留下来，管理工作仍由企业中负责长期投资规划的职业管理人员来执行，这为后来财阀的复辟提供了基础。

1949年，由于股票过度供给，公司的利润和利息较低，导致了股票价格的狂跌，雇员为了个人的短期利益纷纷卖出股票，其所有权地位大大降低。日本政府提出几种方法来维持股票价格：首先是政府鼓励金融机构持股；其次是修改1947年美国倡导建立的《禁止垄断法》，提高金融机构的持股比例。从1949年到1955年，个人所有权从69%降低至53%，而金融机构特别是保险公司和信托银行持股比例大大上升。在20世纪50年代中期，美国开始退出对日本经济的控制。为了防止来自日本之外的经济力量的侵入，也为了稳定经营活动，日本的主要工业公司和银行发起了一场交叉持股的运动，原来被打破的、被分开的财阀的各个部分又重新联系到一起。交叉持股的运动的核心是原财阀关联企业之间相互购买股份，目的是保持股东的稳定。1960年日本为了加入经济合作与发展组织（OECD），不得不开放国内资本市场、实行资本自由化，为了防止国外公司对日本企业的收购、保护民族工业，日本开始推进“稳定股东进程”，大力发展法人相互持股，出现了企业集团。

日本资本市场一直不发达。日本的债券市场长期以来只对少数国有企业和电子行业开放，而且债券发行委员会通过一套详细的会计准则对企业债券的发行设置了严格的限制条件。因此，1950年后，日本公司所需的资金已不再从股票市场筹集，而是由城市银行（私人金融机构）提供，城市银行的贷款则靠日本银行贷款支持。这些来自城市银行的借贷方式被称为系列融资，它意味着最大的六家银行（三井、三菱、住友、富士、第一劝业、三和）和日本兴业银行通过日本银行大量的借款来满足同系列的公司近半数的货币需求。这样，主银行及其监督体系得以确定下来。

由此可见，银行是日本公司治理体系的核心。处于投资中心的主银行控制着企业集团的所有关联企业，导致了股票市场交易非常不活跃。在1990年以前，日本公司的治理模式一直受到人们的赞扬。有学者认为，日本经济之所以发展迅速，都是得益于日本企业独特的运行模式，这种模式“减少”了代理损失，允许投资者对管理者进行比美国更加有效的监督。但是，在1997年亚洲金融危机过后，日本公司的治理模式遭到越来越多的批评。一些学者认为，日本公司的股东不能够有效地对管理者进行限制，日本公司最大化的目标不是利润和股价，而只是增长率和市场份额等，日本公司的终身雇用制度已不能适应市场环境的快速变化等。日本公司相应出现了一些公司治理方面的改革，比如日本的网络导向型治理结构在松散化，会社组织逐步瓦解，市场和外部监督机制开始发挥作用。