股份公司在运行中，主要出现了以下几种类型的治理问题。

1.股权分散化与内部人控制

股份公司上市后，股权呈现分散化的趋势。股权分散化带来的问题是公司被经理层控制，即内部人控制（Insider Control）。此时，没有哪一个股东能对经理层形成足够的影响，经理层在按照自己的意志而非股东意志行事。由于每个股东所持股份有限，他们寄希望于从其他股东对企业经营的监督中获利，这种搭便车行为的结果是没有股东愿意对企业经营进行监督。

2.“一股独大”对中小股东利益的损害

股权分散可能带来内部人控制的问题，那么是不是股权集中就一定利于公司治理呢？答案是否定的。当单个股东拥有51%或以上股份的时候，这一股东便拥有了企业的绝对控股权。在这种“一股独大”的情况下，内部人控制变为大股东控制，经常会出现大股东对中小股东利益的侵害。大股东通过关联交易转移利润、挪用股份公司资金等，无一不包含着对中小股东利益的侵害和剥削。

3.股东对其他利益相关者的侵害

公司所有者（股东）在自身利益最大化目标驱使下的作为，并不一定能为公司其他的利益相关者带来好处。举例来说，企业将生产过程中产生的废水直接排出会比进行污水处理再排出节省大量成本，因此是符合股东利益的。但企业所处社区的水质会受到污染，社区作为企业的利益相关者在这一活动中利益受损。债权人、员工、供应商等其他利益相关者在利益诉求上，也会存在与股东的差异。

4.董事会不尽职

理论上，由股东们选举出的董事会应该代表股东行使权利，为公司制定出科学的战略，选聘并有效监督经理层，为股东利益服务。但是，按照代理理论，董事会与经理层一样，也处于代理人的位置。接受股东委托的董事会同样有动机损害股东利益，在这一点上，董事会与经理层并无差别。如何合理设计董事会结构，使董事会发挥应有作用也是公司治理要解决的问题之一。