人力资源审计的早期形式为人事审计（personnel audit）。Geneva将人事审计定义为对人事政策、程序和实践的分析和评价，其目的是评价企业人事管理的效果。审计程序包括收集和整理信息、分析和解释数据、评价数据和根据分析结果采取行动。早期的人力资源审计着重描述人力资源信息，检查管理过程的合法合规性。

随着程序、制度等作用的下降，管理文化的兴起以及企业对绩效的重视，人事管理开始向人力资源管理转变。相关专家学者认为在人事审计强调人事活动和程序合法合规性的基础上，人力资源审计开始着重审查人力资源活动的经济性、效率性、效果性及其对实现绩效目标的影响。美国国防部审计处（the Defense Control Audit Agency，DCAA）1997年进行的人力资源质量评估，实质上就是人事审计向人力资源审计转变的典型案例。人力资源质量评估在关注具体的人事活动和数据的同时，开始寻求对企业目标的实现程度进行分析。

随着战略人力资源管理和人力资本理论的发展，人力资源审计开始朝着促进企业战略的实施和人力资本投资等方面拓展。这一阶段人力资源审计的一个重要特征就是更加强调人力资源管理的目的性，而具体审计形式则趋向于多样化，如战略人力资源审计、能力审计、生产技术准备审计、顾客满意度审计和人力资源管理合法性审计之类的多种审计形式在实践中得到广泛应用，大量的问卷调查表、平衡计分卡等工具、定量和定性绩效指标、数据包分析技术等也得到开发和应用。