职能战略与公司战略的区别主要体现在三方面：
第一，期限短。职能战略需要按照公司战略的要求，履行公司战略总纲，然后把注意力集中在当前所要做的工作上，而且部门的管理人员可以更好地认识当前的经营条件，及时地适应变化以做出相应调整。
第二，具体性强。职能战略是公司战略的具体化，职能战略提供了具体的指导，增强实施战略的能力，使管理者能够明确年度目标的实现方式。
第三，职权与参与。企业高层管理人员负责制定企业的长期目标和总体战略。职能部门的管理人员在总部的授权下，负责制定年度目标和部门战略。职能部门管理人员参与制定职能战略，可以使其更自觉地做好职能战略所需要进行的工作，增强其实施战略的责任心，从而顺利实现本部门的年度目标。