在企业中实行阿米巴经营模式，必须要掌握阿米巴经营哲学。
该哲学主要包括以心为本经营、动机至善、私心了无、敬天爱人等内容。
如果在工作过程中，每一名阿米巴团队成员只考虑自己的利益，而忽略团队、其他阿米巴，甚至整个企业的利益，阿米巴经营模式在企业中的开展将变得举步维艰。
这就需要企业实行阿米巴经营模式时，在企业内部强调“作为人何谓正确”的深层次哲学，从而使员工能协调自己与他人、协调个体与集体的利益，强调利他主义，绝不越过道德与法律底线。
国内大部分企业都是重视管理工具，而忽略了经营哲学的运用。要想阿米巴经营模式能够在企业落地，就必须充分掌握其所蕴含的经营哲学。经营哲学的充分利用，是创造出满足中国企业需求的经营哲学的重要基础。