阿米巴经营模式是一种典型的自组织管理模式，它将企业分成众多“阿米巴”小团体，并从组织内部选出阿米巴领导。在企业的正常运营中，将以各个阿米巴团体为中心，并赋予其自我管理的权利，让它们根据自己的需求制订计划，依靠团队的力量完成预期的战略目标。通过阿米巴经营，每一名员工都有机会成为核心，他们积极参与企业决策及运营，从而实现“全体参与经营”。
也正是凭借着阿米巴经营模式，稻盛和夫先生成功带领京瓷集团在经历4次经济危机后，仍然保持强劲的生命力。对阿米巴经营模式而言，其组织系统构建能否成功，将直接影响企业最终的命运。如果在组织系统的建设方面出现问题，即便是企业能依靠新模式所带来的红利获得短期的可观收益，但紧接着就会出现一系列问题。
海尔集团从1998年开始学习这一模式，从战略业务单元（SBU）到“人单合一”双赢模式，再到“人人创客”计划，经过十几年的实践，最终才找到了一条属于海尔的阿米巴经营之道。对当前的中国市场环境而言，企业实行阿米巴经营模式可能看起来很美好，但要让其真正与企业融为一体。绝非是一件可以轻易实现的事情。
对那些存在“多元、多维、多期”特点的企业而言，仅在如何划分阿米巴团队方面，就让企业的管理者耗费了大量的精力。
★ 多元。企业中存在着诸多相互关联的多元业务机构，业务之间既存在着协作互助，又存在明显的差异。
★ 多维。组织具有多维度的特征，从区域、渠道、生产线、用户等多个方面，都存在着一定的组织结构重合。
★ 多期。企业的不同业务存在着不同的产品生命周期，如培育期、成长期、成熟期等，十分复杂。
在这种局面下，不依靠专业而系统的考核工具对企业业务进行模拟量化，仅让企业经营者根据自己的管理经验，根本无法制定出正确的阿米巴分类方案。
实践中，阿米巴经营模式组织系统的建设必须做好以下几个方面。
◆ 阿米巴的组织定位
阿米巴组织定位是对阿米巴在整个企业中的角色、地位进行明确。例如，阿米巴在企业中是否要打造成正式的组织单元？它们和现有的组织机构中的部门存在何种联系？企业的经营活动（经营计划、战略制定、流程设计等）是否要围绕其展开？
◆ 阿米巴团队的划分
（1）企业需要对实行阿米巴管理模式的愿景及目标进行明确
对客户需求与市场环境相对稳定的B2B模式服务提供商而言，对市场变化的响应速度明显不是其重点；而对那些市场环境及用户需求变化十分迅速的B2C模式企业来说，其对外界变化的响应速度及灵活性决定了其能否生存。
（2）企业要在阿米巴的分类、组建方式、权力共享方面做出相应的调整
一些体量较大、层级众多、组织结构臃肿、业务流程十分复杂的企业患有严重的“大企业病”，这已经成为限制其进步发展的一大障碍。一些中小企业在对市场变化反应十分迅速，但它们往往要受到缺乏合作共赢与协同发展机制的困扰。
这种明显的差异性决定了企业要在阿米巴的分类、组建方式、权力共享方面做出相对地调整，从而有效推动企业战略目标与愿景的实现。仅依靠模式上的生搬硬套，远无法打造出满足自身需求的阿米巴经营模式。
（3）企业在进行阿米巴分类之前，应该对价值链活动进行有效的考核及评估
对那些无法为企业带来强大竞争力的非核心业务，可以通过外包合作的形式引入外部竞争者，从而倒逼企业的薄弱环节得到快速提升。
（4）按照以下几个原则将企业划分成为多个阿米巴集体
★ 放弃传统根据业务结构进行划分的策略，以可真正实行的增值业务活动为核心进行分类。
★ 对于阿米巴的规模问题，需要考虑：分类方案实现后，其产生的收益能否有效弥补由此带来的交易及管理成本上升。
★ 在组织的层级设定方面，应该考虑：如何在其发展过程中压缩层级结构，从而打造出更加扁平化的阿米巴组织结构，这对于那些大型企业而言尤其重要。
★ 在对以财务、后勤、人力为代表的后台功能业务部门进行处理时，需要了解这些部门的投入可以通过货币进行精确量化，但其创造出的价值却很难通过货币量化。
实践中，还应该考虑到这些问题：是否可以将这些后台业务简化为利润中心？当其作为利润中心时，其发展目标能否为企业创造价值？如何让这些后台功能业务与处于前台的阿米巴有效匹配？
◆ 阿米巴的组建
阿米巴的划分与其组建过程存在着明显的不同，如同表演一般，前者更像是搭建舞台，而后者则是对参与表演的曲目及角色进行规划。
阿米巴组建过程中最为关键的是，要使发展目标与利益能够保持一致。企业必须打破行政边界及企业边界，从多角度吸引更多的人才，也只有这种颠覆性的人才选拔思维，才能孕育出为企业带来颠覆性变革的阿米巴组织结构。
◆ 阿米巴间的协同机制
无论企业要采用什么样的方式来建立阿米巴，都不得不面临一个十分严重的现实问题，也就是如何让碎片化后的组织实现高效协同。这也是稻盛和夫向员工强调“敬天爱人”“利他”精神，并淡化物质奖励的原因所在。
但在中国现有的商业文明下，企业不与员工共享发展成果、不利用物质激励手段，几乎不可能真正将阿米巴经营模式与企业完美融合。既然企业要采用物质激励方式，那么阿米巴作为一种价值创造参与主体，相互竞争、资源占有的潜在思想必然存在。如果无法处理好这一问题，组织很可能将会在争名逐利之心的驱动下变得混乱不堪。
这一问题的解决，不能仅依靠对员工进行道德约束，最为关键的还是要用制度及技术工具进行有效监管，从而保证员工在自己获取利益的同时，也能为他人、为企业创造价值。
要让实行阿米巴运营模式的企业真正做到成员的高效协同、合作互助，管理者可以通过建立协同机制来实现这一目标，如内部契约机制、激励相容机制及市场倒逼机制等。
◆ 整体组织结构再造
最后，企业还需要根据自身的战略目标及市场环境的变化，对整体组织机构进行优化及改造。具体包括组织形态的重新定位、业务部门的拆分与重组、岗位的增减、管理层级的优化等。
对那些大型企业来说，不打破现有的整体组织结构框架，仅想要通过温和的改良方式来打造阿米巴组织系统，在由移动互联网驱动的变革浪潮下，最终迎接它们的将会是异常惨烈的失败。