在运营阿米巴经营模式之前，要先划分阿米巴单元，划分阿米巴单元需要具备3个前提条件。
★ 要在企业内部建立信任关系。内部信任关系是实施阿米巴经营的重要基础，除了体现在企业家与员工之间外，还应该体现在员工与员工之间。如果发现员工有数据造假的情况，等待他们的将是严厉的惩罚。
★ 培养员工的经营意识。在京瓷中，员工的工作称为员工经营，各项管理制度都是在参考经营理念后设计的。
★ 要保证数据的准确性以及及时性。在京瓷，很多当天的经营数据在第二天早上就可以统计出来，可以让阿米巴在第一时间了解经营情况，及时做出调整。
划分阿米巴经营单元的规模需要遵循一定的原则，即能够独立完成任务，有独立核算能力，同时组织的拆分不能影响企业的整体目标以及经营计划。阿米巴划分的决策权掌握在上级的管理者手中，只要管理者认为团队已经满足了相应的条件就可以划分阿米巴。
而不同管理者由于思路不同，也有诸多种划分阿米巴的方式。在京瓷，有些管理者是参照工序流程对阿米巴进行划分的，有的则是根据团队成员的协作配合。有的阿米巴人数较少，有的则人数较多。
阿米巴在经营过程中还会根据市场动态以及运行情况及时做出调整，可能会将一个阿米巴拆分成多个，也可能将多个阿米巴合并成一个。一般管理者会在单位时间核算表的结果的基础上做出调整决定，一旦获得认可将立即投入执行。