建立体系的过程就是结合企业性质和特点，将标准具体化为企业的健康、安全与环境管理体系文件的过程。健康、安全与环境管理体系，是个文件化的体系，按标准要求建立的体系文件是企业实施健康、安全与环境管理的规范。
程序文件（B层文件）
程序文件是管理手册的支持性文件，是管理手册规定的具体展开；下接作业文件，重点描述实施体系的各职能部门的管理活动，为有效控制危害环境因素创造条件，适用于各职能部门。主要内容及特点如下：
（1）企业内部EHS活动的目的、职责和权限、工作流程和活动结果，每个程序文件可包含一个要素，或要素中的一部分，或各要素要求的一组活动，必须具备可操作性和可检查性。
（2）程序文件是企业内部进行EHS活动的依据，具有法规性，各部门、各岗位必须严格执行。
（3）通过对程序文件的审核，可以证明企业的EHS管理与体系标准的符合程度。